16 Juni 2000, Dewan Pimpinan Yayasan Pendidikan Cendana Wangi (Sandinawa) sebagai penyelenggara pendidikan tinggi menerbitkan Surat Keputusan Nomor 01/P/YS/VI/2000 tentang Pendirian Universitas Timor dengan 4 (empat) fakultas, 11 program studi sebagai Perguruan Tinggi Swasta. Pendiriannya berdasarkan Surat Keputusan Mendiknas Nomor 67/D/O/2000. Sejak 16 Oktober 2014, status Unimor menjadi Perguruan Tinggi Negeri berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 119 Tahun 2014 tentang Pendirian Universitas Timor. Hingga saat ini Unimor memiliki 4 fakultas dengan 18 program studi S1 dan 1 program studi D3. Universitas Timor memiliki 2 kampus : Kampus A (utama) berlokasi di Kefamenanu dan Kampus B (Prodi Keperawatan) berlokasi di Atambua.
Penyelenggaraan pendidikan di Unimor didukung 315 tenaga dosen; 209 orang berstatus PNS, 5 orang berstatus CPNS, dan 101 orang berstatus PPPK. Saat ini Unimor memiliki 32 orang dosen S3 (Doktor) dan 283 orang dosen S2 (Magister); Unimor memiliki 4 orang Guru Besar, 18 orang Lektor Kepala, 164 orang Lektor, 122 orang Asisten Ahli, dan 7 orang Tenaga Pengajar.
Layanan administrasi pendidikan Unimor didukung oleh 174 tenaga kependidikan, di antaranya 9 orang berijazah magister. Saat ini Unimor memiliki 9.846 mahasiswa aktif, 9.837 WNI dan 9 orang WNA (Timor Leste). Alumni Unimor hingga saat ini berjumlah 15.019 orang.